بوتاکس در درمان میگرن نتایج قابل اندازه‌گیری و علمی دارد و در مطالعات گسترده پزشکی، کاهش چشمگیر تعداد و شدت حملات میگرنی را نشان داده است. بسیاری از بیماران گزارش می‌دهند که پس از یک دوره درمان سه‌ماهه، تعداد روزهای سردرد در ماه بیش از ۵۰ درصد کاهش یافته است. این اثر ناشی از اصلاح عملکرد عصب‌های حساس به درد و جلوگیری از آزاد شدن نوروپپتیدهایی مانند CGRP و سابستنس P است که عامل اصلی التهاب عصبی در میگرن محسوب می‌شوند. علاوه بر کاهش درد، کیفیت خواب، تمرکز و سطح انرژی نیز بهبود پیدا می‌کند، چراکه بدن از حالت دائمی التهاب عصبی خارج می‌شود. از نظر روان‌زیستی، کاهش دفعات میگرن باعث تثبیت عملکرد هورمون‌های استرسی و تنظیم چرخه عصبی کورتیزول و سروتونین می‌شود که خود به تعادل خلق و احساس آرامش ذهنی کمک می‌کند. بوتاکس در این درمان کم‌تهاجمی است، نیاز به جراحی ندارد، و از نظر ایمنی در مطالعات پنج‌ساله کاملاً تأیید شده است. مزیت مهم آن در مقایسه با داروهای خوراکی، عدم وابستگی یا نیاز به مصرف روزانه است و اثر آن فقط بر مسیرهای عصبی هدف‌گذاری‌شده اعمال می‌شود. به همین دلیل بیماران از کاهش درد بدون احساس ضعف عمومی یا خواب‌آلودگی برخوردار می‌شوند. در مجموع، بوتاکس نه‌فقط تسکین فوری بلکه تنظیم بلندمدتی در سیستم عصبی بدن ایجاد می‌کند و در درمان میگرن مزمن تحول اساسی محسوب می‌شود.